San Giovanni è un nodo tra le linee ipogee M1 ed M3, collegate anche al Metrotram T3.
E’ una fermata metropolitana oggi nota come esempio di stazione museo, capace di valorizzare il patrimonio archeologico reperito durante gli scavi e di saper fondere la funzione trasportistica con quella didattico-espositiva.
Il nodo però è tra quelli più congestionati di passeggeri, in particolare sul versante di Metro A (M1 nel sistema Metrovia), già critico negli anni passati ed oggi ulteriormente aggravato dall’afflusso dei passeggeri di Metro C. E continuerà ad esserlo almeno fino al completamento della fermata Colosseo, che scambia con MB (M2 nel sistema Metrovia).
Il sistema di Metrovia consente un alleggerimento di questo carico, redistribuendolo in parte su altri percorsi, ma a San Giovanni potrebbe essere necessario prevedere un allargamento delle banchine della M1, che altrimenti, considerato il consistente flusso di utenti, non garantiscono ottimali condizioni di sicurezza costringendo, come già avviene a volte, a contingentare gli accessi alla stazione.
La linea Metrotranviaria T3, una delle principali del sistema, è a 100 metri.