San Giovanni è una fermata metropolitana oggi nota come esempio di stazione museo, capace di valorizzare il patrimonio archeologico reperito durante gli scavi e di saper fondere la funzione trasportistica con quella didattico-espositiva.

Il nodo di San Giovanni però è tra quelli più congestionati di passeggeri, in particolare sul versante di Metro A (M1 nel sistema Metrovia), già critico negli anni passati ed oggi ulteriormente aggravato dall’afflusso dei passeggeri di Metro C. E continuerà ad esserlo almeno fino al completamento della tratta fino a Clodio.

La Metrovia consente un alleggerimento di questo carico, redistribuendolo in parte su altri percorsi, ma a San Giovanni potrebbe essere necessario prevedere un allargamento delle banchine della M1, che altrimenti, considerato il consistente flusso di utenti, non garantiscono ottimali condizioni di sicurezza costringendo, come già avviene a volte, a contingentare gli accessi alla stazione.

La linea Metrotranviaria T3, una delle principali del sistema, è a 100 metri.